Le shogunat contrôle le pouvoir politique, administratif et plus tard économique. Il existe aussi un empereur mais celui-ci ne possède que des fonctions spirituelles de grand prêtre et est le symbole du « génie national ». Après les nombreuses guerres féodales qui avaient eu lieu auparavant, les Tokugawa cherchent à réorganiser l’État et garantir la paix dans le pays. Pour cela, ils mettent au point un système encore très hiérarchisé et rigide grâce auquel ils peuvent contrôler totalement le pays.

Ainsi, ce dernier est divisé en fiefs gouvernés par des seigneurs, les daimyos, eux-mêmes sous l’autorité du shogun. Ceux qui avaient prêté allégeance aux Tokugawa avant 1600 s’appellent les « daimyos de l’intérieur » et ceux qui l’avaient fait après s’appellent les « daimyos de l’extérieur ». Cependant, pour pouvoir maintenir ceux-ci sous son autorité, le shogun met en place un système de résidences alternées, le sankin-kotai, dans lequel les daimyos doivent résider à Edo, résidence shogunale, et ceci une année sur deux. De plus, les daimyos doivent laisser leur famille à Edo en guise d’otages.

Cette époque se caractérise notamment par une fermeture du pays sur lui-même, appelée sakoku. Le Japon ne conserve que quelques liens diplomatiques avec la Corée et seules la Chine et les Provinces-Unies ont le privilège d’entretenir des relations commerciales avec lui. Les Européens ne sont pas admis sur le sol japonais, au risque de la peine de mort. Cependant, ces derniers cherchent tout de même à entretenir des relations commerciales avec le pays. Cette pression fait même apparaître et renforcer un courant nationaliste dans tout le Japon. Ce n’est qu’en 1854 que le commodore américain Matthew Perry accompagné de navires de guerre réussit à « convaincre » le bakufu. Ce dernier, effrayé à la perspective d’entrer en guerre en cas de refus (comme ce fut le cas pour le voisin chinois avec les guerres de l’opium) signe à contre cœur la convention de Kanagawa.

Celle-ci laisse ouverts les ports de Shimoda et Hakodate aux Américains. Il en sera de même un peu plus tard pour la Russie, la Grande-Bretagne, les Pays-Bas et la France. Une première division s’effectue alors entre les partisans de l’ouverture et les xénophobes. En 1858, la noblesse plutôt xénophobe reproche au shogun d’avoir cédé à la peur des étrangers et de ne pas avoir demandé l’autorisation de l’empereur. Cette scission marquera le début de la chute du bakufu.

Ainsi se prépare un affrontement entre les daimyos héréditairement créés par les Tokugawa au XVIIe siècle et les daimyos de l’Ouest qui se rangent du côté de l’empereur et s’opposent ainsi aux étrangers et au shogun. Les fiefs les plus puissants de ces derniers sont Chōshū et Satsuma. Ceux-ci sont entraînés dans la rébellion contre le bakufu : des batailles s’engagent vers 1866 mais les armées shogunales ne parviennent pas à pénétrer le territoire de Chōshū. Des alliances se dessinent alors entre Chōshū, Satsuma et Tosa dont les chefs préparent un coup d’État. Par conséquent, le , en présence de bushis, est proclamé à Kyōto « le retour à l’ancienne monarchie » et la fin du bakufu.

L’époque d’Edo prend donc fin en 1868 avec la restauration du pouvoir impérial par l’empereur Mutsuhito et l’abdication du quinzième et dernier shogun, Tokugawa Yoshinobu.

L’époque d’Edo (江戸時代, Edo jidai?) ou période Tokugawa (徳川時代, Tokugawa jidai?) est la subdivision traditionnelle de l’histoire du Japon qui commence vers 1600, avec la prise de pouvoir de Tokugawa Ieyasu lors de la bataille de Sekigahara, et se termine vers 1868 avec la restauration Meiji. Elle est dominée par le shogunat Tokugawa dont Edo (ancien nom de Tokyo) est la capitale.