Candidat indépendant à la présidentielle gabonaise du 30 août 2009, Ben Moubamba est arrivé officiellement derrière les candidats Ali Bongo, Pierre Mamboundou, André Mba Obame, Zacharie Myboto et Pierre-Claver Maganga Moussavou avec un score de 0,30 % sur 18 autres candidats. Pendant la campagne électorale de 2009, il a dénoncé un « coup de force électoral », demandant la suspension du processus électoral. Il a fait une grève de la faim du 15 au 30 août 2009 devant l’Assemblée nationale gabonaise..

En 2010, il cofonde le parti Union nationale avec les anciens responsables du PDG passés dans l’opposition. Le secrétaire exécutif de ce mouvement politique revendiquant la victoire à la présidentielle de 2009 s’est auto-proclamé président du Gabon en janvier 2011 pour « poser un acte politique » et solder la crise née de la présidentielle gabonaise. Ben Moubamba a été nommé ministre des Affaires étrangères d’un gouvernement parallèle. Il a pourtant démissionné de son parti en août 2011 avant que l’Union nationale ne soit dissout par le gouvernement gabonais.

Il a adhéré en janvier 2012 à l’Union du peuple gabonais (UPG), parti fondé par l’opposant Pierre Mamboundou Mamboundou (décédé le 15 octobre 2011) tout en « revendiquant pour l’histoire son rôle de cofondateur du parti Union nationale ».

Lors de son discours d’investiture, il a appelé à une « révolution éthique et morale » et a accusé les dirigeants du Parti démocratique gabonais, au pouvoir, d’être des « génocidaires économiques » du fait d’une management des populations par la misère et des « spécialistes de la répression ».

Le 7 août, il a lancé avec d’autres citoyens gabonais un appel à manifester à Libreville pour exiger la démission du candidat Ali Bongo de son ministère de la Défense. Non autorisée, la manifestation a été réprimée par des gaz lacrymogènes et a donné lieu à de violents affrontements avec les forces de l’ordre. Après qu’un manifestant a été blessé, il s’est adressé aux policiers, chemise ouverte, hurlant : « Tirez, tirez ! Les forces de sécurité doivent protéger les Gabonais ! Vous n’avez pas le droit de massacrer votre propre peuple ».

À la suite de sa première grève de la faim à caractère politique au Gabon, il est arrivé sixième à la présidentielle gabonaise du 30 août 2009 derrière Ali Bongo, Pierre Mamboundou, André Mba Obame, Zacharie Myboto et Pierre-Claver Maganga-Moussavou.

Remarqué par les néo-opposants issus du Parti démocratique gabonais (PDG), il a cofondé avec ceux-ci le parti Union nationale en février 2010. Il en a démissionné le 15 août 2011 avant de rejoindre l’Union du peuple gabonais (UPG) en janvier 2012.

En février 2013, il a été nommé par le secrétaire exécutif de l’Union du peuple gabonais (UPG) au poste de chargé de la communication, de l’économie, de l’économie numérique et des relations avec les institutions constitutionnelles.

Lors du premier congrès, du 10 au 11 avril 2015, il est élu sans surprise président de l’UPG avec 94 % des voix.

Candidat sous couvert de l’UPG, il finit 3e à l’élection présidentielle gabonaise du 27 août 2016.

Le , il est nommé Vice-premier Ministre, Ministre de l’Urbanisme, de l’Habitat social et du Logement du nouveau gouvernement d’ouverture d’Emmanuel Issoze-Ngondet.